防水透氣膜PTFE是高度結晶聚合物，其生料結晶度最高可達到92%?98%。但是在加工或經過燒結-冷卻后，結晶度降低到不超過生料結晶度的70%。PTFE在19℃下時，呈每13個鏈接旋轉180℃的空間螺旋狀構象，在19℃以上，同樣旋轉180℃所需要的鏈節單元增加到15個，這是因為每個鏈節的距離上升為0.195nm。這一變化意味著粉狀顆粒的硬度在19℃以下和以上有明顯的差別。在19℃以上時，鍵具有某種程度的角向位移，這種位移會隨著溫度升髙而增加；在30℃以上時，這種能位移的趨向不斷增強，直至327℃。這意味著，在19℃以上顆粒較柔軟，易變形。這對于PTFE樹脂的后處理工藝選定、物料在流水線上的移動方式和設備的設計、包裝方式和儲存溫度的確定都有很重要的指導意義，對于用分散PTFE樹脂經糊狀擠出后用拉伸方法制造薄膜選用溫度也具有關鍵作用。
溫度在19℃以下時，PTFE的晶態是三斜晶系晶格，在19℃時出現晶型的轉變，鏈段的旋轉度變得稍小些，單位晶格轉變為六方晶系。30℃時， PTFE晶體出現結晶松弛，鍵有序的旋轉變為無規纏繞。通常將這兩個溫度點稱為相轉變點。
防水透氣膜PTFE樹脂的高結晶度和很高的分子量導致PTFE具有極高的熔融黏度，在380℃測定的運動黏度為1010~1011Pa.s，在熔點溫度下，也不具有流動性。因此，普通PTFE樹脂不能用通常適用于可熔融加工塑料的加工方法加工制品，懸浮PTFE樹脂只能用類似粉末冶金的方法進行加工，即將懸浮PTFE樹脂粉置于模具經壓縮預成型，分散PTFE樹脂則需加入助推劑（潤滑劑）成糊狀方能推壓預成型，它們都須經過燒結才能成為制品。
防水透氣膜具有極高熔融黏度是它能在很高溫度下正常使用的主要原因。
